臺北帝大時期最初分設文政、理農學部，學生約六十人，1936年增設醫學部，1943年增設工學部，同年分成文政及理農兩個學部。另外有附屬農林專門部、附屬醫學專門部、熱帶醫學研究所和預料。該年亦設置南方人文研究所及南方資源研究所。當時原用講座制度，每一講座由一位專任教授主持，其下編列有副教授、助手、講師和僱員，係經費預算獨立並多附設圖書室之研究單位。至1945年，擴展為文政、理、農、醫、工五個學部，有學生千餘人。

臺灣光復後，依照我國學制，分設系、科，各「學部」改稱「學院」，並將文政學部劃分為文學院及法學院，再加上理、醫、工、農共為6個學院、設立22門學系。至36學年度學生約為一千八百五十五人。往後，院系隨師資、硬體設備與社會需求逐漸增加。民國49年試辦夜間部，56年開辦新制夜間部，76年成立管理學院，82年則成立公共衛生學院，86年成立電機學院（89年更名為電機資訊學院）。民國88年原法學院更名為社會科學院，所屬法律學系改制為法律學院，夜間部與推廣教育中心併編為進修推廣部，91年農學院易名為生物資源暨農學院，92年增設生命科學院。臺灣大學目前已有11個學院，54個學系，103個研究所，另設有人口與性別、凝態科學、生物技術、生物多樣性等4個校級研究中心，連同進修推廣部，學生總人數達到三萬三千餘人，大學部近一萬七千人，研究生一萬五千餘人，比例大約一比一，已成功轉型為研究型大學。

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